夫妻因為分居而無法合併申報的時候，可以分別填報申報書，但仍要將配偶的姓名、身分證統一編號、出生年次等資料填上，並在申報書上「£夫妻分居者，請打P，…」欄位勾選，以便國稅局通報歸戶課稅。歸戶合併後的全部應納稅額，可申請分別開單，按個人之應納稅額占夫及妻應納稅額合計數之比率計算各自應分攤之應納稅額，減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵。如夫妻分開申報而未於申報書寫明配偶關係，致逃漏稅捐者，會被稽徵機關依所得稅法第110條第1項歸戶補稅送罰。其漏稅額計算，以夫妻合併課徵計算之應納稅額，減除夫妻分開申報各自計算之應納稅額之和後之差額認定。
（財政部98年9月14日台財稅字第09804558680號）
（財政部100年3月28日台財稅字第10004004910號）
（財政部98年9月14日台財稅字第09804558680號）
（財政部100年3月28日台財稅字第10004004910號）