財政部臺灣省南區國稅局表示，合作農場雖非公司組織，惟仍應依規定設置股東可扣抵稅額帳戶，並申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料。
該局說明，按民國35年2月25日制定「設置合作農場辦法」第1條規定「合作農場以發展農業合作，實行集體生產為宗旨，準用合作社法與同法施行細則及農場登記規則之規定組織之。」又91年12月11日修正合作社法第3條第1項第11款規定，將合作農場明訂為合作社之一。因依據所得稅法第11條第2項規定「本法稱營利事業，係指公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦、冶等營利事業。」是合作農場為合作社組織之營利事業。另所得稅法第66條之1第2項明定免設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業或機關、團體之範圍，未有合作社組織，再者，依合作社法第24條規定「合作社盈餘，除依前條規定提出外，其餘額之分配，以社員交易額之多寡為標準。」是合作社有盈餘分配問題，仍應依所得稅法第66條之1第1項規定設置股東可扣抵稅額帳戶，並依同法第102條之1第2項規定申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料。
該局表示轄內高雄縣某合作農場辦理92年度營利事業所得稅結算申報時，未填報該年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，惟該年度該合作農場有獲配股利總額所含之可扣抵稅額新臺幣(下同)3,244元，依規定即應於股東可扣抵稅額帳戶計入前揭可扣抵稅額，並申報於股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表。
該局進一步說明，依照所得法第114條之3第2項規定，營利事業違反所得稅法第102條之1第2項規定，凡未依限申報或未據實申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料者，即應裁處7,500元之罰鍰(行為罰)，並通知限期補報；逾期不補報者，得按月連續處罰至依規定補報為止。該農場未依限辦理92年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料申報，被裁處7,500元罰鍰。
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