為使預先訂價協議案件之處理有一致可資遵循之作業程序，財政部業已依據「營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則」第5章規定，訂定「營利事業申請預先訂價協議作業要點」，以利營利事業與關係人進行交易，向稽徵機關申請預先訂價協議時適用。前述作業要點已於96年9月21日發布施行。
財政部指出，上述作業要點共計9點（詳附件），其重點如下：
一、本作業要點訂定之目的。（第1點）
二、稽徵機關得設立預先訂價協議審議委員會，專責審核預先訂價協議案件。（第2點）
三、營利事業申請預先訂價協議之期限。（第3點）
四、稽徵機關受理預先訂價協議之處理程序及作業方式。（第4點至第7點）
五、預先訂價協議之簽署。（第8點）
六、徵納雙方對協議內容爭議之處理方式。（第9點）
另為配合上開預先訂價協議案件之申請及作業，財政部並已訂定相關申請書表及預先訂價協議書範本供徵納雙方依循。
財政部說明，預先訂價協議旨在減少事後查核所引發之爭議及造成稅務行政負擔，並可使納稅義務人之納稅義務得以確定，故如納稅義務人符合預先訂價協議規定者，可多利用預先訂價協議之機制，與稽徵機關洽簽預先訂價協議，以維護自身之權益。
