財政部臺北市國稅局表示，營利事業如符合促進產業升級條例第70條之1營運總部租稅獎勵規定，於計算免稅所得時，其相關成本費用除可明確直接歸屬者應分別歸屬，無法分別辨認歸屬者，應以合理方式分攤。
該局說明，按企業營運總部租稅獎勵實施辦法及營運總部租稅獎勵表之填表須知「成本費用認定原則」，各項免稅收入之相關成本費用分攤原則，可明確直接歸屬者，應個別歸屬認列，無法明確歸屬者，得依費用性質，採營業收入、部門薪資、員工人數或使用電腦機時等標準，擇一作為分攤基礎。各國外關係企業相同項目之免稅收入，均應採用同一分攤基礎，不同免稅收入，得採用不同之分攤基礎。
該局指出，甲公司93年度營利事業所得稅結算申報，列報營運總部免稅所得4億4千萬餘元，係國外關係企業投資收益4億6千萬餘元，減除相關成本費用2千萬餘元，該營利事業於計算該免稅所得之成本費用時，按個別「費用」性質選用不同分攤基礎，且未依公司實際提供之服務及參與程度分攤相關成本費用，因該免稅所得皆屬同一種類之所得，故該局按其所有海外子公司經營情況，及公司所提供服務性質，將費用重新歸屬，並將無法明確歸屬之費用，全部按免稅收入占營業收入淨額加計非營業收入淨額合計數之比例計算，本案經該局調整後，屬投資收益之成本費用為3千萬餘元，較申報數相差1千萬餘元，補稅3百餘萬元。
該局提醒納稅義務人注意，於申報符合企業營運總部租稅獎勵辦法之同種類免稅所得時，若有無法明確歸屬之成本費用，僅能按規定之分攤基礎擇一計算，非按費用性質選用不同分攤基礎，以免遭調整補稅，影響自身權益。
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