財政部表示，依原住民族工作權保障法第8條但書規定，原住民合作社依法經營者，自該法施行之日起6年內應免徵所得稅及營業稅。同法施行細則第5條第2項規定，原住民合作社應免徵所得稅及營業稅期間，自90年11月2日起至96年11月1日止。因此，原住民合作社依上開規定應免徵所得稅及營業稅之期間已屆滿。
財政部說明，經瞭解原住民合作社之種類，多以提供清潔、綠化及承包工程等服務之勞動合作社為主，而該等原住民合作社於免稅期間簽訂之契約，係依訂約時之法律約定交易價款，該價款並未含稅；為配合政府保障原住民族工作權之政策，並基於法律之信賴保護原則，該部爰發布解釋令，對於原住民合作社與他人簽訂之承攬工程或勞務契約，如係於原住民族工作權保障法第8條但書規定之免稅期間內簽訂，而逾96年11月1日仍有履約行為者，該工程之承攬或勞務之提供，仍得適用上開規定免徵所得稅及營業稅。反之，相關契約如係逾96年11月1日始立約完成者，即不適用原住民族工作權保障法第8條但書規定，相關稅捐之徵免，應回歸稅法規定辦理，亦即依現行所得稅法第4條第1項第14款及加值型及非加值型營業稅法第8條第1項第10款規定辦理。
由於原住民合作社徵免所得稅及營業稅，係依承攬工程或勞務契約之簽訂日期認定，因此，為避免上開規定遭不當利用，該部特別指出，免稅期間屆滿後始變更契約內容者，包括展延契約期間、增加契約價金等，均不適用免稅規定；此外，相關契約如經查明有倒填簽約日期情形者，除不得適用前揭免稅規定外，並將依法究辦。
