為釐清企業合併適用財務會計準則公報第25號購買法之會計處理，合併存續公司取得消滅公司原持有固定資產以公平價值入帳者，得否認定為所得稅法第50條所指之實際成本疑義，財政部將明確規定如下: 公司辦理合併，其合併基準日在97年1月1日以後，且採購買法之會計處理，合併存續公司取得消滅公司之固定資產，經依公平價值入帳，並取具評價報告、合併契約及股東會決議等證明文件，經稽徵機關查核屬實者，合併存續公司得以該價格為準，依所得稅法第50條規定提列折舊費用；合併消滅公司應以該公平價值作為實際成交價格，據以計算合併消滅公司處分資產之損益，依所得稅法第75條規定辦理合併當期決算申報。
財政部指出，依財務會計準則公報第25號規定，購買法係指將企業合併視為1個公司收購另1公司之交易，收購公司取得被收購公司原持有資產、負債時，應按公平價值入帳，其收購成本超過有形及可辨認無形資產之公平價值扣除承擔之負債後淨額部分，應列為商譽；實務上，適用購買法之非關係企業合併，合併雙方為客觀認定合併資產之價值，均會委由專業第三人(鑑價公司或獨立專家)依各種評價方法或由合併雙方依相關資訊對合併資產價值進行評估，以作為雙方交易之基礎。因此，採購買法之合併案件，依上述方式決定合併淨資產財務上之公平價值，並據以支付合併對價者，應屬交易雙方就交易事項評估後，在正常交易下達成之成交價格，可認定為所得稅法第65條所規定之實際成交價格。因此，企業合併採購買法會計處理者，存續公司支付合併對價取得消滅公司固定資產列帳之公平價值，如具備評價之相關證明文件可供查核認定，應可認定屬於該固定資產之實際成交價格，存續公司自得依所得稅法第50條規定，依該實際價格，據以提列折舊費用。
財政部進一步指出，被收購公司方面，從財務會計之觀點而言，係屬淨資產之處分，將產生資產處分損益。另在課稅上，依所得稅法第65條規定，營利事業在解散、廢止、合併或轉讓時，其資產之估價，以時價或實際成交之價格為標準。故合併存續公司取得消滅公司之固定資產，既按公平價值入帳，則相對地，消滅公司亦應於合併當年度，依該公平價值為實際成交價格，計算處分資產之損益，依所得稅法第75條規定辦理合併當期決算申報。
