南區國稅局表示：營利事業87年度或以後年度結算申報之應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額，應於收到核定退稅通知書時，自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除，如未減除致有超額分配可扣抵稅額時，除應追繳稅款外，並按超額分配之金額處1倍之罰鍰。
國稅局舉例說明，某公司92年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報資料，核有超額分配股東可扣抵稅額308,600元，經國稅局查獲，除責令該公司限期補繳外，並處1倍罰鍰308,600元。該公司不服，復查主張其89年度營利事業所得稅經稽徵機關核定退稅款416,000元之支票，由出納人員於91年12月3日存入銀行帳戶後，因一時作業疏忽未告知會計人員，漏未自當年度股東可扣抵稅額帳戶中減除該筆退稅款，方致超額分配可扣抵稅額，請准免予處罰。案經復查、訴願均遭駁回，該公司仍不服，提起行政訴訟，亦經高雄高等行政法院判決該公司敗訴確定。
法院判決理由略以，該公司既自承於91年12月3日已兌領其89年度營利事業所得稅之核定退稅款416,000元，則依所得稅法第66條之4第1項第2款及第2項第2款規定，應自91年度之股東可扣抵稅額帳戶中減除該筆退稅款，該公司漏未減除致有超額分配股東可扣抵稅額308,600元至明，是國稅局依法處以罰鍰，並無不合，乃判決該公司敗訴。
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