為鼓勵公司立足臺灣、放眼天下，公司在中華民國境內設立達一定規模且具重大經濟效益之營運總部，所取得對國外關係企業提供管理服務或研究開發之所得、權利金所得或投資國外關係企業之投資收益及處分利益，可適用促進產業升級條例第70條之1的規定，享受免稅的優惠。
南區國稅局表示，公司計算營運總部租稅獎勵免稅所得時，應依照企業營運總部租稅獎勵實施辦法及營運總部租稅獎勵表填表須知之成本費用認定原則，各項免稅收入之相關成本費用，可明確直接歸屬者，應個別歸屬認列，無法明確歸屬者，得依費用性質，採營業收入、部門薪資、員工人數或使用電腦機時等標準擇一作為分攤之基礎，分攤方式一經選定後，3年內不得變更，各國外關係企業相同項目之免稅收入，均應採同一分攤基礎，不同免稅收入，得分別採用不同之分攤方式，至無法按上述方式直接歸屬或分攤，且確屬相關者，稅捐稽徵機關得按核定免稅收入占營業收入淨額加計非營業收入淨額合計數之比例為基礎分攤。
該局最近查核某家製造公司94年度營利事業所得稅結算申報案件，該公司列報適用營運總部免稅所得額1,000餘萬元，經查核後發現其計算取得國外關係企業投資收益免稅所得時，將無法明確歸屬之成本費用，按個別費用性質選用不同分攤基礎，與上述不同免稅收入始得採用不同的分攤方式之規定不合，經該局重行將無法明確歸屬之費用，按免稅收入占營業收入淨額加計非營業收入淨額合計數之比率計算，核算免稅所得額為600餘萬元，並補徵營利事業所得稅100餘萬元。
該局進一步提醒，公司於申報符合企業營運總部租稅獎勵辦法之同種類免稅所得時，若有可明確直接歸屬者，應個別歸屬認列，無法明確歸屬之成本費用，僅能依規定之分攤基礎擇一計算。
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