夫妻在申報年度中已分居致無法合併申報綜合所得稅時，應於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，以免補稅外並遭受處罰。
國稅局嘉義縣分局在查核95年度綜合所得稅時發現有納稅人夫妻分居，雖均依規定申報，惟僅一方在申報書內填寫配偶姓名、身分證統一編號，另一方並未填列配偶資料，經合併歸戶有漏稅額除補稅外，並對未填列配偶資料之一方處兩倍以下罰鍰後，要求罰鍰應按應納稅額比例計算提起異議，因其未填列配偶及註明分居違章事證明確，最後也僅能私下抱怨，繳清罰鍰結案。
該局呼籲納稅義務人辦理綜合所得稅應誠實申報，如申報當時為「分居」狀況，無法取得配偶所得資料合併申報，可於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並應註明業已「分居」字樣，交由稽徵機關合併歸戶，俾免補稅外，並遭受處罰。
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