財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內林姓納稅義務人為甲醫院負責人，93年度綜合所得稅結算申報，列報甲醫院執行業務收入新臺幣（下同）2,000萬元，費用總額2,200萬元，全年所得虧損200萬元。該局認定甲醫院其中給付予A公司之管理費用500萬元，因不符執行業務所得查核辦法第14條規定而予以剔除，核定該醫院收入總額2,000萬元，費用總額1,700萬元，全年所得額300萬元，併課林君當年度綜合所得稅。
林君不服，主張甲醫院委託A公司協助醫院之企劃、財務會計、採購流程及人事系統等行政管理事宜，亦有實質相對的人力與成本付出，醫院支付管理費，並無不適宜之情事為由，資為爭議。案經復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院判決林君敗訴。
高雄高等行政法院判決略以，按所得稅法第14條第1項第2類及執行業務所得查核辦法第14條之規定，執行業務之直接必要費用申報除須取得合法憑證外，尚須經查明與業務直接必要，始得准予核實認列，是僅取得與執行業務有關之合法憑證者，尚非即可據以認定為執行業務之直接必要費用。本件林君雖提出金融機關轉帳證明及統一發票等資料，證明甲醫院確有給付醫院管理費500萬元予A公司。惟查甲醫院設有會計室、總務室、人事室等單位，該醫院已得自行處理該醫院行政及管理工作，復由A公司派遣上開人員至該醫院從事管理工作，亦與一般經驗法則相違，其真實性亦非無疑。況甲醫院與A公司間之合約項目，未記載A公司應如何提供管理，僅由A公司出具簡單籠統之輔導管理計畫及成果書資料，未能提具實際提供顧問服務之證明相關資料以實其說，自無法證明系爭醫院管理費為執行業務直接必要之費用。該局依所得稅法相關規定剔除該筆管理費用，並無違誤，乃判決林君敗訴。
如有疑問請洽：
法二科吳科長，聯絡電話：06-2298097 彙總編號：97011805
