南區國稅局表示，兩稅合一實施後，公司行號除營利事業所得稅結算申報外，另須辦理未分配盈餘及股東可扣抵稅額帳戶變動明細表等兩項申報。國稅局核定之後，會核發三種核定通知書，而如有應補繳稅款時，也會分別開立繳款書。營利事業若對三種核定內容有不服時，應注意其個別申請復查的提起期限，以免逾期，而喪失行政救濟之權益。
按納稅義務人對於核定稅捐之處分如有不服，如核定通知書載有應納稅額或應補徵稅額者，應於繳款書送達後，於繳納期間屆滿翌日起算30日內，申請復查；如核定通知書無應納稅額或應補稅額者，應於核定通知書送達後30日內，申請復查。
該局說明，轄內某公司辦理92年度未分配盈餘申報，經該局核定未分配盈餘為1,470餘萬元，應加徵10﹪營利事業所得稅147餘萬元，減除投資抵減稅額後，應補徵稅額為0元，核定通知書於95年10月22日送達該公司，依規定該公司不服國稅局核定，應於95年11月21日前申請復查。惟該公司卻依93年度營利事業所得稅核定稅額繳款書所載繳納期限於95年12月14日申請復查。案經復查、訴願決定均以程序不合駁回，該公司仍不服，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院裁定亦予駁回。
高雄高等行政法院裁定略以，該公司92年度未分配盈餘申報核定通知書所載應補徵稅額為0元，故依稅捐稽徵法第35條第1項第2款之規定，該公司應於未分配盈餘申報核定通知書送達日即95年10月22日之後30日內申請復查。而該公司主張應以93年度營利事業所得稅核定稅額繳款書，所載繳納期限95年11月15日屆滿翌日起計算30日為復查期限，顯有誤解，委不足採。從而，國稅局以本件復查申請之末日應為95年11月21日，惟該公司遲至95年12月14日始提出復查之申請，已逾申請復查之法定不變期間，乃從程序上駁回其復查之申請，經核並無違誤。茲該公司復對之提起訴願，訴願決定仍以其逾期申請復查為由予以駁回，洵無不合。
該局特別呼籲，營利事業收到核定稅捐之處分，如有不服，應注意於法定期間內申請復查，以免影響本身之權益。否則按程序不合，實體不究之原則，已逾不變期間者，其實體即不再審論。
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