財政部表示，營利事業於申報96年度營利事業所得稅結算申報時，有關96年7月11日公布修正之所得稅法第14條之1及第24條之1債券利息所得課稅規定施行前及各該條文施行後至業者資訊系統配合修改期間（自96年1月1日至96年10月14日），其持有債券利息所得可自應納營利事業所得稅額中減除扣繳稅款之計算方式如下：
一、營利事業持有債券至付息日者：
由於96年7月11日公布修正之所得稅法第14條之1有關個人持有債券利息所得分離課稅規定追溯至96年1月1日起適用，又前開稅法修正施行後，債券交易商需要3個月債券交易資訊系統修改期間，如在前開期間（自96年1月1日至96年10月14日），營利事業購買債券未對前手利息所得代扣前手稅款，並持有債券至付息日者，其可自應納營利事業所得稅額中減除扣繳稅款之計算，仍依上開所得稅法修正前業者與各地區國稅局協商結論辦理。
二、營利事業持有債券於付息日前出售者：
依上開修正後所得稅法第24條之1第2項及同法施行細則第31條之2規定，營利事業持有債券之利息所得，應按債券持有期間，依債券之面值、票面利率及規定扣繳率計算得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除之稅額。惟營利事業如在上開所得稅法修正施行後至業者資訊系統修改配合修改期間（96年7月13日至96年10月14日）持有債券並於付息日前出售者，如買受人未對其持有期間以票面利率計算之應計利息收入按10％扣繳率代扣稅款者，因營利事業於該期間持有債券之利息所得並未繳納稅款，故無前開所得稅法及施行細則規定之適用。
