納稅義務人96年度之綜合所得總額，如未超過當年度規定的免稅額及標準扣除額的合計數，可以免辦結算申報，但如果要申請退還已扣繳的稅款或可扣抵稅額時，仍然要辦理結算申報。
另外，過去常發生納稅義務人因自行依照列舉扣除規定計算無應繳納稅款，即認為毋須辦理申報，等事後收到稅單感到不解，造成徵納雙方爭議。財政部特別說明，依所得稅法第17條第3項規定，綜合所得稅納稅義務人依規定應辦理結算申報而未辦理，經稽徵機關核定應納稅額者，均不適用列舉扣除之規定，一律按標準扣除額認定。因此，納稅義務人如採列舉扣除者，自行計算所得後縱無應繳納稅款，仍須檢具相關證明文件辦理結算申報，否則，將來稽徵機關核定時，只能減除標準扣除額，納稅義務人實際支付的醫藥費、保險費、捐贈、災害損失及自用住宅購屋借款利息或房屋租金支出等均不得自所得總額中減除。
