保稅區營業人辦理保稅貨物盤存，如因實際盤存數量少於帳面結存數量，超過規定的盤差容許率，海關於補徵進口稅捐時，將一併補徵營業稅，南區國稅局提醒營業人，該補徵之營業稅額依規定不得申報扣抵銷項稅額。
該局指出，依海關管理保稅工廠辦法第21條第1項第1款規定，保稅工廠辦理盤存之保稅物品，實際盤存數量少於帳面盤存數量，逾盤差容許率者，應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起10日內繕具報單補繳進口稅捐。依加值型及非加值型營業稅法第41條規定，貨物進口時，應徵之營業稅，由海關代徵之。另依財政部89年2月29日台財稅第880450944號函規定，保稅工廠盤存之盤虧貨物應補徵營業稅且不得扣抵銷項稅額。
該局進一步表示，為劃一處理原則的一致性，財政部於95年7月31日台財稅字第09504547230號函規定，同為保稅區之科學工業園區之園區事業、加工出口區之區內事業、農業科技園區之園區事業、自由貿易港區之自由港區事業、保稅倉庫、物流中心及免稅商店等營業人辦理保稅貨物盤存，因實際盤存數量少於帳面結存數量，比照保稅工廠規定，不得列入扣抵銷項稅額。
南區國稅局呼籲營業人，應自行檢視有無違反上述不得扣抵規定之情事，在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員調查前，自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款，依稅捐稽徵法第48條之1規定，加計利息免予處罰。
如有疑問請洽：
審查四科李科長，聯絡電話：06-2298048 彙總編號：97081401
