外國國際運輸事業由其在臺固定營業場所或代理人支付機師及空服員因飛航行程來臺住宿等相關費用，取得以該固定營業場所或代理人名義之進項稅額憑證，得申報扣抵銷項稅額。
財政部表示，邇來接獲外國航空業者向該部陳情，其總公司之機師及空服員因飛航行程來臺住宿取得之進項稅額憑證，歷年均申報扣抵銷項稅額，惟部分稽徵機關認為總公司與其分公司分屬不同營業主體，總公司機組人員既非臺灣分公司員工，則其在臺發生之住宿費用，應非屬該分公司本業或附屬業務所使用，自不得將總公司機組人員住宿費用取得之進項稅額憑證申報扣抵，如有扣抵情事，將依法補稅處罰。為釐清爭議，該部日前發函通知各地區國稅局，依照該部76年10月13日台財稅第760074195號函釋國際運輸事業進口運費所支付之進項稅額，除有不得申報扣抵之情形者外，應准予扣抵銷項稅額之意旨，外國國際運輸事業之機師及空服員因飛航行程來臺住宿取得之進項稅額憑證，得申報扣抵銷項稅額。
該部說明，外國國際運輸事業在我國境內無固定營業場所而有代理人者，其在我國境內銷售貨物或勞務時，係以該代理人為營業稅之納稅義務人，其在我國境內由代理人支付之進項稅額，得由該代理人申報扣抵；該事業在我國境內設有固定營業場所者，其在我國境內由該固定營業場所支付之進項稅額，如不得申報扣抵，顯不合理。再者，外國航空事業之機師及空服員自國外載運客貨入境後，尚須依我國飛航作業管理規則第33條規定，確保該等人員休息時數，始得進行下一載運客貨出境之飛航行程，以維飛行安全及營運品質，其支付之相關住宿費用，核與該業確保載運客貨出境業務之安全相關，其進項稅額尚非屬營業稅法第19條第1項規定不得申報扣抵之範疇，該項由其在我國境內固定營業場所或代理人代為支付住宿費用而取得之進項稅額憑證，依上開該部76年10月13日台財稅第760074195號函釋規定，准予申報扣抵銷項稅額。
該部進一步說明，外國國際運輸事業在我國境內由其固定營業場所或代理人支付之進項稅額，如無營業稅法第19條第1項規定之情形者，均得申報扣抵銷項稅額，惟依行政程序法第131條第1項規定，其申報扣抵或退還之期限應受5年期間之限制，該部籲請業者自行檢視，以維權益。
