依據統計資料，公司行號每年度的營利事業所得稅結算申報委託會計師查核簽證案件呈現逐年增加的趨勢，以南區國稅局轄區最近3年案件為例，每年約增加3%，顯示稅法所給予會計師簽證申報案件獨享的一些租稅優惠，陸續吸引公司的目光，其中又以會計師簽證申報案件可享受盈虧互抵優惠，最具節稅效果。
依照所得稅法第39條之規定，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。
南區國稅局指出，目前稅法准許適用盈虧互抵的範圍，限於藍色申報或會計師簽證申報案件，並且還需同時符合上述所列其他各項條件，另外，值得注意的是，公司適用盈虧互抵時，虧損年度如取得投資收益時，投資收益應先抵減虧損後，再以虧損餘額列報盈虧互抵。因為投資收益依照所得稅法第42條規定係不計入當年度所得課稅，如未先將投資收益加回，則可扣除虧損金額將虛增，因此，基於課稅公平原則，公司在適用盈虧互抵規定時，應將免稅之投資收益自核定虧損項下減除。
例如某家經營休閒用品製造的甲公司自90年開業後，各年度所得稅結算申報均係委託會計師查核簽證申報，95年度列報全年所得額1,200餘萬元，前5年虧損扣除額500餘萬元，課稅所得額700餘萬元。甲公司提出說明其在93年及94年間正值經營轉型過渡期，分別產生虧損300餘萬元及200餘萬元，後來也獲得國稅局按申報虧損數核定在案，因此要求在95年度扣除93及94年度的核定虧損數共計500餘萬元。經國稅局核對課稅資料發現，甲公司在93年度雖經國稅局核定虧損300餘萬元，但同年亦取得乙公司發放的股利100餘萬元，甲公司93年度可列為扣除的虧損只有200餘萬元（93年虧損300餘萬元－100餘萬元股利收入），而非300餘萬元，該局因此核定甲公司95年度前5年虧損扣除額為400餘萬元（93年200餘萬元＋94年200餘萬元），甲公司必須補繳稅款20餘萬元及加計利息5,000餘元。
國稅局最後籲請營利事業列報前5年核定虧損扣除額時，應先減除免計入所得額之投資收益，以免被調整補稅外，還須自結算申報期限截止次日起至繳納補徵稅款之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率按日加計利息，徒增困擾。
如有疑問請洽：
審查一科 鄭稽核，聯絡電話： 06-2298013 彙總編號：97081106
